Ускоренный ход системных часов на плате MS-5169, где искать проблему?

Вы хоть указывайте ОС. И скорость расхождения истинных показаний времени и ваших системных часов. Да и вообще более подробно описывайте ситуацию.
Иначе можно много чего насочинять в качестве гипотез.

Было в биосе до загрузки ОС. за 10 минут реального времени спешили на 30 минут. Поменял два кварца на 32768 и в биосе стало нормально, однако потом поставил Линух Fedora core 3 и там тоже самое. Процессор АМД к6

давненько я встречал "взбесившийся" клокер на каком-то Акорпе.
вплоне возможно и у вас то же самое.
Нашел