Вы можете счесть, что я над Вами издеваюсь,

Вы можете счесть, что я над Вами издеваюсь, а я считаю, что Вы не цените время тех, к кому обращаетесь за советом.
Написанное Вами звучит примерно так:
Взял у кого-то какую-то плату и прошил в нее какой-то БИОС. После этого обнаружил что в ней что-то не работает. Подскажите что мне делать?

Ответ тут только один - задайте вопрос грамотно. Как это сделать читайте в ФАКе конференции
Чтобы можно было сказать хоть что-то дельное надо знать
1. Модель плтаы
2. Версию БИОСа
3. Настройки CMOS
4. Как именно проявляется неработоспособность портов
Если Вы этого не можете указать, то берите плату и несите ее в ремонт, пока она не убита окончательно.