Делаете загрузочную дискету, затем стираете все файлы кроме msdos.sys, io.sys, command.com.
Копируете на дискету прошивку и "SPI FlashROM Programmer 1.6", можно еще от лени написать bat'ник, если понадобится запускать программу с какими-нибудь ключами.
P.S. Перед тем, как прошить флешку, я бы рекомендовал считать текущее содержимое и сохранить файлик (как вариант еще и попробовать оценить адекватность считывания).
Делаете загрузочную дискету, затем стираете все файлы кроме msdos.sys, io.sys, command.com.
Копируете на дискету прошивку и "SPI FlashROM Programmer 1.6", можно еще от лени написать bat'ник, если понадобится запускать программу с какими-нибудь ключами.
P.S. Перед тем, как прошить флешку, я бы рекомендовал считать текущее содержимое и сохранить файлик (как вариант еще и попробовать оценить адекватность считывания).