жесткая временная привязка импульсов управления может внести в алгоритм некоторую вероятность нестабильной работы
В общем-то никто не мешает переложить часть работы на таймеры. Единственная мелочь - наложение синхроимпульсов от сетевого напряжения на процесс работы с USB. Это решается реализацией USB на отдельном контроллере - ATTiny2313, например. Да и контроллер можно взять попроще, чем ATMega16.
Но это уже больше рекомендации по серийному производству.
Но это уже больше рекомендации по серийному производству.