Вы сами пишите, что платы почти одинаковые, отличаются

Вы сами пишите, что платы почти одинаковые, отличаются только ревизией, а значит чипсет в них одинаков. Соответственно, и возможность работать с флешками разного объема.
Если вы будете шить bios от старшей модели, то по первой прикидке, могут не работать некоторые контроллеры, например сеть, если они разные на этих платах.
На дохлых платах тоже нет ничего? Производитель здесь особо не важен.
При прошивке файла меньшего объема, чем флешка, надо шить по старшим адресам.