Когда вырубается, напряжение на Тл494 присутствует? Так

Когда вырубается, напряжение на Тл494 присутствует?
Так может и оптопара козлить в дежурке.....если ШИМ питается только от неё,
без подхвата с 12В....попробуй сделать нормальный подхват,
напряжение питания ШИМ с дежурки сделать около 11,5 В и диодное 
монтажное ИЛИ с каналом +12В, чтобы при рабочем режиме 12В питало ШИМ и запирало диод дежурки...

Ну или запитать сначала ШИМ и компаратор от отдельного источника