На питании должно быть или 5 или 12

На питании должно быть или 5 или 12 вольт. Если иначе то у вас блок питания неисправен, это напряжение оттуда приходит. Одинаковой диаграмма на верхнем и нижнем ключе может быть только в том случае если вы на выходе получаете половину входного питания. Например на входе 12 вольт а на выходе 6. В других случаях диаграммы будут разными. Напряжение как раз и зависит от отнешения времени открытого верхнего ключа к времени открытого нижнего ключа. При напряжении на проце 1.3 вольта и входном напряжении 12 вольт, верхний ключь будет открыт по времени почти в десять раз меньше нижнего.

Найдите где нибуть в инете теорию работы импульсных стабилизаторов и почитайте. Общий принцип примерно таков, открывается верхний ключь, начинает нарастать ток дросселя, верхний ключь закрывается, открывается нижний, ток за счет ЭДС самоиндукции дросселя продолжает течь через нижний ключь, постепенно уменьшаясь. Так как частота работы преобразователя достаточно высока, то за время переключения ключей ток изменяется очень незначительно, чем и обеспечивается почти постоянный ток.
Мосфеты стоят одинаковые, хотя ток течет через верхний и нижний ключь в разных напрвлениях. Это особенность мосфетов, они на это способны. Для исключения сквозного тока, это если пытаться одновременно один ключь закрыть а второй открыть, микросхема ШИМ делает небольшую задержку между закрытием одного ключа и открытием другого. Это необходимо по той причине что любой полупроводниковый ключь закрывается медленнее чем открывается. В обычном биполярном транзисторе происходит рассасывание неосновных носителей.